Não se sabe ao certo a origem do passatempo, mas acredita-se que ele chegou ao Japão entre 1777 e 1778, na cidade de Nagasaki, sendo inicialmente mais apreciado pelos adultos. Apenas na Era Meiji (1868 – 1912) passou a ser jogado pelas crianças, tornando-se um brinquedo muito popular.

No Japão, desde 1975, a Associação Japonesa de Kendama promove eventos e competições oficiais, demonstrando que o passatempo, além de divertido, também desenvolve habilidades como concentração, coordenação motora, entre outras.